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软件备案研发费的计算方法包括以下几个方面：
1. 初次研发成本：
- 人力成本：包括程序员、项目经理、测试人员以及其他相关人员的工资。需要考虑到这些人员的工作时间和工资水平。
- 硬件设备成本：包括计算机、服务器以及其他相关设备的购买和维护费用。
- 软件工具成本：包括开发工具、测试工具以及其他相关软件的费用。
- 外包服务成本：如果在软件开发过程中需要外包某些服务，这些服务的费用也需要计入研发成本。
2. 后期优化升级成本：包括软件改进的研发成本、新功能的开发成本以及软件升级的成本等。
3. 软件测试成本：包括测试人员的工资、测试设备的成本以及测试软件的成本等。
4. 软件维护成本：包括软件维护人员的工资、软件维护工具的成本以及软件维护的其他相关费用。
5. 版权申请费用：包括版权申请费、版权年审费以及版权维护费等。
6. 备案费用：包括备案申请费、备案年审费以及备案维护费等。
软件备案研发费用的计算是一个复杂的过程，需要综合考虑以上各个方面的成本。